En sus orígenes, la localidad en la que se ubica esta singular fortaleza, el castillo de Agüero, tomó su nombre de un manantial cercano empleado para las predicciones del futuro y que era conocido como Agüero de Yuso (literalmente «presagios de abajo») para distinguirlo del Agüero del Suso («presagios de arriba») localizado en Barriosuso, Cantabria.
En 1215 y gracias a una importante donación de Rodrigo Rodríguez e Inés Pérez, se funda en el municipio el monasterio de Santa María de la Vega. El rey Enrique I cede la villa al cenobio, donación que es posteriormente ratificada por Fernando III. En el fuero de Agüero, otorgado en 1224 por el abad Munio y por Rodrigo Rodríguez, se establecen las normas municipales de Buenavista y su barrio, renovando así un privilegio anterior.
En aquellos fueros se hacía referencia repetidamente a un palacio de ubicación desconocida y que podría identificarse con el castillo, que no parece como tal en los citados documentos. Tampoco aparece mencionado en el año 1754, cuando se confecciona el Catastro de Ensenada.
De la fortificación original del castillo de Agüero se conservan restos de un muro de 170 metros de forma cúbica construido con cal y canto, idénticos materiales que se emplean para edificar la iglesia de San Justo Pastor, situada metros más abajo. Las ruinas de esta pequeña fortaleza no poseen en su interior señal alguna de pisos o techumbre.
El castillo de Agüero perteneció a los Agüero, antiquísimo linaje cántabro del que destacó Pedro González de Agüero, que fue armado caballero en 1330 por Alfonso XI. No se conserva ninguna otra construcción por el estilo en la región, aunque debió ser un tipo de edificio bien extendido por la provincia de Santander, ya que detalles como las almenas en punta, también utilizados en la torre de Potes, y las estrechas torretas de ángulo marcaron las tendencias arquitectónicas de las casas solariegas durante los siglos XVI y XVII.
La iglesia de los Santos Justo y Pastor, recientemente restaurada, se sitúa en la misma colina donde se emplaza el castillo de Agüero y desde la que se puede disfrutar de una magnífica panorámica de la vega del Valdavia. La localidad de Marina de Cudeyo de Valdavia ha sido declarada Conjunto Histórico Artístico.
